مسجد مقدس جمکران همواره محل دعا و توسل به امام زمان عجل الله تعالی فرجه‌الشریف بوده است اما در دوران طاغوت مردم را از توجه به آن غافل کرده بودند که به برکت پیروزی انقلاب اسلامی جایگاه خود را بازمی‌یابد و کانون توجهات و تبدیل به محلی برای مراسم معنوی و اعتکاف و توسلات میشود. توصیه‌های علما بر زیارت این مسجد پیشینه چنین اهتمامی است. حضرت آیت‌الله ‌ای علاوه بر این که مقید به حضور در این مکان مقدس برای ذکر دعا و نماز و توسل هستند، درباره جایگاه این مکان معنوی میفرمایند: جایی که انسان میداند یا ظنّ به این دارد که مورد توجّه اولیای الهی است، طبعاً معنویّت آن مکان بیشتر است و مسجد مبارک جمکران جزو این گونه جایگاه‌‌ها و مراکزی است که توجّه به خدای متعال و تذکّر و خشوع و تضرّع در آن برای انسان فراهم‌‌تر است.»
بخش فقه و معارف پایگاه اطلاع‌رسانی KHAMENEI.IR به مناسبت فرارسیدن عید ولادت حضرت بقیةالله‌الاعظم ارواحنافداه، در گفتگویی کوتاه با حجت‌الاسلام محمدحسن رحیمیان تولیت مسجد مقدس جمکران، به روایت‌هایی از حضور حضرت آیت‌الله ‌ای در مسجد مقدس جمکران و پاسخ به برخی شبهات می‌پردازد.